Kubo to dorby i spokojny chłopak. Wraz z mamą mieszka w małej wiosce na końcu świata. Pewnego razu nawiedza go duch przeszłości i zmienia jego przeznaczenie. Kubo musi odnaleźć magiczną zbroję należącą do jego ojca - największego samuraja jakikolwiek pojawił się kiedyś na świecie. W poszukiwaniu zbroi pomogą chłopcu dobre duchy i pradawne bóstwa.