Od piasków Sahary po podbiegunowe śniegi - elitarna jednostka G.I. JOE (Global Integrated Joint Operating Entity) usiłuje wytropić i schwytać Destro, wyjątkowo niebezpiecznego handlarza bronią. G.I. JOE posługuje się najnowocześniejszym sprzętem szpiegowskim, czasem nawet wyprzedzającym swoją epokę, by powstrzymać Destro i tajemniczą organizację Kobra przed wciągnięciem świata w rozgrywkę, która może być zagrożeniem dla całego globu.
W czasie pełnionej misji elitarny oddział komandosów G. I. Joe wpada w pułapkę. Nieliczni ocaleni – Roadblock (Dwayne Johnson), Flint (D.J. Cotrona) i Jaye (Adrianne Palicki) – zostają oskarżeni o zbrodnie, których nie popełnili. Wkrótce walczący o odzyskanie dobrego imienia żołnierze powracają, by stawić czoła organizacji KOBRA oraz nowemu, niebezpiecznemu wrogowi z kręgów rządowych. Czy uda im się odkryć prawdę i pokonać tajemniczego przeciwnika?