Początkowo reżyserem filmu miał być Renny Harlin, ale zrezygnował aby nakręcić "Szklaną pułapkę 2". Kolejnym reżyserem został Vincent Ward, ale po kilku miesiącach został zwolniony (nie mógł dojść do porozumienia z producentami). Zastąpić miał go scenarzysta Walter Hill, ten jednak również wycofał się kiedy David Fincher stał się osiągalny.
Pierwotnie autorem zdjęć do filmu był Jordan Cronenweth, ten sam, który sfotografował "Łowcę androidów". Lecz z powodu ataku choroby Parkinsona, Cronenweth musiał opuścić plan po dwóch tygodniach. Jego miejsce zajął brytyjski operator Alex Thomson.
Film kręcono w Iver, Dawdon i na wybrzeżu Northumberland (Anglia, Wielka Brytania) oraz w Los Angeles (Kalifornia, USA).
Zakończenie filmu nakręcono już w L.A. od razu w dwóch wersjach. Pierwsza - obecna w rozszerzonej wersji filmu, ukazuje Ripley spadającą do hutniczego pieca. Drugą - którą zakończono wersję kinową, wzbogacono o narodziny Królowej Obcych, lecz tylko pod postacią plamy krwi, eksplodującej pod ubraniem.
Model kapsuły ratunkowej EEV z Sulaco, miał długość jednego metra. Ujęcie oddzielenia go od statku macierzystego wykonano w miniaturowej dekoracji ściany statku, długości 3 metrów.
Dwa płonące kominy hutniczych pieców, były miniaturą długości 12 metrów.
Mimo zastosowania całej gamy trików optycznych w filmie wykorzystano również kilka ujęć z animacją cyfrową. Pierwszym było cyfrowe połączenie kilku elementów w jedną całość w ujęciu uderzenia kapsuły EEV o lustro wody. Wszystkie cienie, rzucane przez Obcego były cyfrowe. W komputerze animowano także pęknięcia na jego głowie w końcówce filmu.
W pierwotnych planach scenariusza nie było postaci Ripley.
Ostateczna wersja filmu była montowana blisko rok.
Podczas produkcji zaprzestano prac na trzy miesiące z powodu zmian w scenariuszu.