Początkowo rolę Neo zaproponowano Bradowi Pittowi. Propozycję zagrania tej postaci odrzucił Will Smith, przyjmując rolę w "Bardzo dzikim zachodzie", a także Ewan McGregor. Ponadto pod uwagę byli brani Leonardo DiCaprio, Kevin Costner, David Duchovny, Val Kilmer i Tom Cruise.
Przed rozpoczęciem zdjęć do filmu Keanu Reeves trenował kung-fu po 7 godzin dziennie.
Aktorzy przygotowywali się do filmu przez cztery miesiące. Carrie-Anne Moss, w obawie, że straci swoją rolę, nie przyznała się do poważnej kontuzji.
Jean Reno otrzymał propozycję zagrania agenta Smitha, lecz ją odrzucił i zdecydował się na występ w filmie "Godzilla" (1998).
Russell Crowe miał wcielić się w postać Morfeusza, ale odrzucił rolę.
Sir Sean Connery miał początkowo zagrać Morfeusza, ale ostatecznie odrzucił rolę, by zagrać Allana Quatermaina w "Lidze niezwykłych dżentelmenów". Aktor później żałował, że nie przyjął propozycji braci Wachowskich, a tym samym uczestniczenia przy tworzeniu filmu "Matrix".
Val Kilmer odrzucił nie tylko rolę Morfeusza, ale także Neo.
Pierwotnie rolę Trinity miała grać Angelina Jolie, ale aktorka wolała zagrać Lisę w "Przerwanej lekcji muzyki".
Gary Oldman i Samuel L. Jackson byli brani pod uwagę do roli Morfeusza.
Bracia Wachowscy poprosili Hugo Weavinga, aby zagrał Agenta Smitha, po tym jak zobaczyli go w filmie "Proof" z 1991 roku.
Wo Ping, osoba odpowiedzialna za treningi aktorów, dzięki którym mogliśmy oglądać akrobatyczne wyczyny w czasie filmu, z początku odrzucił propozycję współpracy z mało wtedy znanymi twórcami (braćmi Wachowskimi), tłumacząc się im, że nie ma wolnego czasu. Dopiero po przeczytaniu gotowej wersji scenariusza zmienił zdanie i zaangażował się w projekt.
Zespół odpowiedzialny za efekty specjalne, był nadzorowany przez Johna Gaetę, pomysłodawcę efektu "Flow-Mo" (pokazujący aktorów zatrzymanych i jednocześnie unoszących się w powietrzu). Efekt ten można zauważyć już w pierwszej scenie z udziałem Trinity.
Na wieżowcu, gdy Trinity wyciąga pistolet do agenta i mówi "Dodge this" ("Omiń to"), pistolet zamienia się na inny model.
W spektakularnej scenie kraksy helikoptera do ostatniej chwili w szybach budynku nie widać jego odbicia.
Kiedy Morfeusz stara się udusić Agenta Smitha (w łazience zaraz przed porwaniem Morfeusza), Smith wykręca mu ręce. Morfeusz uderza go głową w twarz, a okulary Agenta spadają na podłogę. W kolejnych ujęciach na ziemi nie ma jednak już okularów.
Kiedy Neo biegnie do pokoju 303, wyrywa komuś z ręki telefon. Przez moment nie widać jednak telefonu w dłoni, natomiast w następnym ujęciu telefon powraca.
Podczas całego filmu w okularach noszonych przez Neo, Trinity i wielu innych bohaterów bardzo często widać odbicie kamery.
Kiedy Trinity mówi do Neo (kiedy jest on "martwy") jej włosy wysuwają się jej zza ucha, po czym wracają na miejsce, jeszcze raz zsuwają się w następnym ujęciu i ponownie powracają za ucho.
W scenie z łyżką użyto dwóch łyżek: normalnej i komputerowej (ta druga się wygina). W łyżce normalnej widać odbicie ekipy filmującej scenę.
W scenie, w któej Neo unika pocisków na dachu wieżowca, przed samym zwolnieniem tempa rzuca na ziemie Beretty. Gdy jednak zaczyna się spowolnione ujęcie, pistolety znikają, by pojawić się dwa ujęcia dalej, gdy Neo leży na ziemi z bólem kręgosłupa.
Gdy Neo budzi się w kokonie i ciecz z kokonu zaczyna spływać, on spływa razem z nią głową do przodu, ale już w następnej scenie, Neo płynie nogami do przodu.
Gdy Morfeusz idzie z Neo do wyroczni, w klamce od drzwi wejściowych, na którą jest zbliżenie, widać okrągły obiektyw kamery.
Gdy Neo znajduje się w pokoju przesłuchań (miejsce z pluskwą), to w momencie, gdy sklejają mu się usta i zaczyna się rzucać, w odbiciu okularów Smitha widać, że Neo nadal siedzi.
W scenie strzelaniny w budynku wojskowym widać, że Neo wyciąga półautomatyczny karabinek 9mm. W następnej scenie widać, że z tej broni powoli wypadają na podłogę łuski z napisem .223.
W pokoju przesłuchań agent Smith zdejmuje swoje okulary. W następnej scenie widać je położone na stole. Później zmieniają one swoją pozycję i znikają kilka razy.
Każdy wie, że aby dostać się do Matrixa trzeba zostać podłączonym - "igłą" w głowę, ale nie można tego zrobić samemu, więc w jaki sposób w połowie filmu do Matrixa dostaje się Cypher na spotkanie z agentem Smithem?
Kiedy Neo znajduje się w biurze i dostaje telefon komórkowy od Morfeusza, widzimy, że jest sam w pomieszczeniu. Jednak gdy odbiera telefon, bardzo wyraźnie widać rękę kogoś z ekipy filmowej.
Podczas sceny ucieczki Neo przed nadjeżdżającym metrem przez ułamek sekundy widać linkę, na której Neo jest "wyciągany".
Podczas ucieczki przed agentami Neo wchodzi na gzyms wieżowca. Kiedy patrzy na dół dostrzega kilkudziesięciu gapiów, a 2 sekundy później gapiów już nie ma.
Gdy na dachu wieżowca Neo i Trinity zabijają policjantów, ich ciała znikają w chwili, kiedy Neo unika strzałów.
Podczas sceny unikania przez Neo kul na dachu wieżowca, tuż przed postrzeleniem, przy zbliżeniu nogi widać zaznaczoną linię na fragmencie materiału. Po chwili Neo zostaje "postrzelony" dokładnie wzdłuż tej linii.
Kiedy Neo przyjeżdża do pracy, na budynku, w którym pracuje, widnieje nazwa firmy "Metacortex". Jednak podczas ucieczki Neo przed agentami, możemy zauważyć, że nazwę zmieniono na "Meta Cortechs".
Podczas walki z Agentem na stacji metra Neo otrzymuje cios, po którym pluje krwią, a następnie wyciera ją z ust. Gdy wstaje, na twarzy i ręce nie ma już jednak krwi.
Zdjęcia do filmu kręcono w Sydney (Australia), Nashville (Tennessee, USA) oraz San Francisco (Kalifornia, USA).
Obsada spędziła ponad trzy miesiące w Los Angeles trenując pod czujnym okiem Wo Pinga, po czym zmieniła miejsce lokacji na Sydney w Australii, gdzie jeszcze na miesiąc przed rozpoczęciem pierwszych zdjęć dopracowywano choreografię walk.
Wykorzystanie techniki zwolnionego filmowania było niezbędne dla stylistyki scen akcji w The Matrix. Niektóre elementy scenariusza również wymagały specjalnego potraktowania. Te sceny właśnie wymagały dynamicznego ruchu kamery przy jednoczesnym kolistym filmowaniu w zwolnionym tempie, co zbliżało się do 12 tysięcy klatek na sekundę. Wachowscy nazwali tę metodę 'Fotografią - Strzału'.
Znaki pojawiające się na ekranach obrazujących Matrix składają się z odwróconych liter, numerów i japońskich znaków katakana.
Keanu Reeves sprezentował każdemu z 12 kaskaderów występujących w filmie po motorze marki Harley-Davidson.
Uważny widz zauważy, że mijający Neo i Morfeusza ludzie w "pokoju treningowym" są ubrani jednolicie w czerń i biel - i pojawia się wśród nich wielu bliźniaków (szukanych zresztą w całym Sydney). Symbolizuje to uproszczenia przy generowaniu symulacji - Mouse z lenistwa wygenerował ograniczoną liczbę postaci, następnie pomnożył je, żeby stworzyć tłum - przy słusznym założeniu, że każdy i tak będzie się gapić na kobietę w czerwieni.
Wieżowiec na którym rozbił się śmigłowiec jest tak naprawdę budynkiem Columbia Pictures a na piętrze w którym eksplodował znajdują się sale projekcyjne.
Podczas przesłuchania Neo przez agentów, pokazany efekt zasklepienia się ust Neo, był dziełem animacji komputerowej. Jednak później Keanu Reeves miał naprawdę zasklepione usta przez 5 godzin, gdy chciał coś powiedzieć musiał to napisać.
Broń, której używał Neo (Keanu Reeves) w biurowcu, była wykonana z plastiku.
Keanu Reeves podczas kręcenia filmu leczył uraz szyjny.
Carrie-Anne Moss w jednej ze scen skręciła sobie kostkę.
Przed nakręceniem pełnometrażowego filmu, powstał 600-stronicowy komiks, który pokrótce traktował o tym, czym jest "Matrix".
Nakręcenie potrójnego, powietrznego kopnięcia Neo zajęło ekipie zdjęciowej dwa dni zdjęciowe i 24 duble.
Podczas przygotowań do nakręcenia walk, Andy Wachowski oberwał od jednego z kaskaderów, który uderzył przypadkowo w obiektyw kamery trzymanej przez reżysera.
Kiedy Mouse (Matt Doran) przyjmuje nieproszonych agentów, strzela do nich z dwóch specjalnie skonstruowanych strzelb Automatic 12-Gauge, do których zamocowane są elektryczne magazynki z cylindrami obracającymi się 900 razy na minutę.
Podczas próby uratowania Morfeusza, na holu biurowca dochodzi do wymiany ognia. W tej scenie Neo (Keanu Reeves) używa takiej broni palnej jak: para pistoletów Beretta M92FS, dwóch karabinów Micro Uzi, pary Skorpionów SA Vz 61s oraz dwóch karabinów H&K MP5K. Natomiast Trinity (Carrie-Anne Moss) strzelała ze strzelby SPAS 12, i z Micro Uzi, a ochrona budynku odpowiadała ogniem z M16, jak także ze strzelb SPAS 12.
Podczas akcji ratowania Morfeusza, w scenie przy helikopterze, na dachu biurowca, Trinity zabijając agenta użyła pistoletu Beretta M84 Cheetah.
W biurze Meta Cortechs, podczas rozmowy telefonicznej między Neo a Morfeuszem, widzimy jak Neo (Keanu Reeves) wspina się na okno. Ta scena była kręcona bez kaskadera, na 34 piętrze budynku.
Nad drzwiami kuchni, w apartamencie Wyroczni widnieje napis "Temet nosce", oznacza on "poznaj siebie”. Autorem tych słów jest Plutarch, pisarz starożytnej Grecji.
Gdy Neo zostaje zabity, jest martwy przez 72 sekundy. Czas ten jest kolejnym odwołaniem do Biblii, kiedy Jezus Chrystus leżał w grobie przez 3 dni, czyli 72 godziny.
Zdjęcia do filmu kręcono od 14 marca do 1 września 1998 roku.